Der Rhein umfließt und begrenzt die Weinberge des Kaiserstuhls im Westen und ist gleichzeitig die Grenze zu Frankreich. Drei Orte im Kaiserstuhl liegen direkt am Rhein: Breisach, Sasbach und Vogtsburg-Burkheim. Breisach und Sasbach verfühgen jeweils über einen direkten Grenzübergang nach Frankreich in Form einer Brücke. In Breisach bietet ein lokales Schifffahrts- unternehmen Rund- und Schleusenfahrten, Tagesausflüge sowie Themen- und Sonderfahrten auf dem Rhein an. Ein Besuch der Breisacher Burg ist in diesem Zusammenhang ebenfalls lohnenswert.

Am Rhein und unweit vom Kaiserstuhl, ca. 20 km nördlich, liegt das Naturschutzgebiet Taubergießen, das Sie auf einer Bootstour erkunden können. Die Bootsfahrten werden in Fischerbooten, sogenannten Trubord / Nachen durchgeführt. Während der Bootsfahrt bekommen Sie alles Wissenswerte über das Naturschutzgebiet vom Bootsführer erzählt. Nach der Bootsfahrt besteht die Möglichkeit auf einem der bekannten Wanderwege zum Ausgangspunkt zurückzuwandern (3,5-8km).